落射螢光顯微鏡是用於觀察具有上述特徵的螢光物質的顯微鏡。
光學系統具有用於激發的光源(通常為汞燈)和“濾光片立方體”,並且激發光和螢光由濾光片立方體分開。配備對應於各種螢光物質的濾光片立方體,甚至可以在切換濾光片立方體的同時連續觀察諸如用多種螢光物質染色的那些樣品。